土司制度是在唐宋时期羁縻州县制的基础上发展而成的，其实质是“以土官治土民”，承认各少数民族的世袭首领地位，给予其官职头衔，以进行间接统治，朝廷中央的敕诏实际上并没有能够得到真正的贯彻[1]。
有些土官以世袭故，恣肆虐杀百姓，为患边境，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒。”[2]。甚至土司家族内部发生械斗或是战争，康熙三十八年（1699年），东川彝族禄氏家族因争夺土府继承权，互相残杀。
为了解决日久相沿的土司割据的积弊，明清两朝的君主，已经开始酝酿解决这个问题。改土归流一般采取两种办法：“一是从上而下，先改土府，后改土州。二是抓住一切有利时机进行，如有的土官绝嗣，后继无人，或宗族争袭，就派流官接任；土官之间互相仇杀，被平定后，即派流官接任；有的土官犯罪，或反王朝被镇压后，以罪革职，改由流官充任”[3]。
清雍正时期，国力强盛，中央政府已经有足够的力量加强对少数民族地区的统治。雍正四年（1726年），鄂尔泰大力推行改土归流政策[4]，即由中央政府选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区的政务，“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。”，“制苗之法，固应恩威并用”[5]。广顺长寨土司向官兵挑衅，竟遭到清军毁灭性的打击，设长寨厅（今贵州省长顺县）。
雍正八年（1730年），镇沅流官刘起元贪婪无度[6]，乌蒙土目禄万福在乌蒙镇发动兵变，刘起元逃至荔枝河被杀，滇黔蜀三行省接壤处的土司群起响应。鄂尔泰下令士兵穷追严剿，“分兵穷搜，务获得魁，尽屠丑类”，镇压之时，将所有的土司头目，戮杀殆尽。最后招民垦种，“给予田地、耕牛、谷种，俾得各安其业”。至乾隆初年（1736年），会泽“民夷商贾，四方辐辏，食货浩穰”。
涉及的地区和民族有滇、黔、桂、蜀、湘、鄂省的苗族、彝族、布依族、侗族、白族、傣族等，实行“改土归流”之前，云南土司有47家[7]。实行“改土归流”之后，不但多民族中央集权的中国统治得到了巩固，各少数民族的经济社会和文化发展也进一步加快。少数地区虽然还残存土司制度，其作用和影响也已大大削弱。中华人民共和国成立后，彻底废除了少数民族地区的土司制度[8]。
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